Den medeltida borgen Lindholmen från 1200-talet låg vid Göta älvs västra strand, vid området som fortfarande kallas för Lindholmen idag. Lindholmen omtalas första gången 1333, då kung Magnus Eriksson daterar en skrivelse in castro nostro Lindholm, det vill säga ”den befästa Lindholmen”, samt 1334 Lyndholmis.
Befästningen låg på nuvarande Slottsberget och var en kungsgård som kallades Borgen Lindholmen. Arkeologiska undersökningar visar att en borg, även omnämnt som slott, har funnits där sedan åtminstone år 1250.
På den ganska branta avgränsade bergsplatån har det funnits en ringmur, och innanför den en borganläggning med åtminstone en tornbyggnad. Möjligen har ett förborgsområde funnits nedanför borgkullen (som i Lödöse).
Man tror att större delen av anläggningens byggnader varit uppförda i trä.
Slottet gavs till Drottning Blanka som morgongåva vid hennes förmälning med kung Magnus.
År 1410 hade slottet förfallit och kunde inte längre bebos. Efter detta upphör uppgifterna om själva slottet.
Hösten 1778 lät Gustaf III i hast uppkasta ett retrenchment (förskansning, inre försvarslinje) vid Lindholm, men denna befästning, vilken iståndsattes år 1789, lämnades snart att förfalla.
Kring 1875 fanns endast mindre murverk kvar, vilka försvann då Lindholmens varv vid denna tid lät de anställda uppföra små trähus på berget, helt utan stadsplanering
Livstiden för Lindholmen som borg vill arkeologer mena inte skall ha överstigit trettio år – vilket kan förefalla vara en aningen kort tid. Det är väl inte orimligt att tro att den fanns kvar fram till att Elfsborg stod klart år 1360.
Lyndholmis omnäms för sista gången år 1339.
1844 gick bolaget som ägde Lindholmens säteri i konkurs. Säteriet ropades in på exekutiv auktion av Handelsaktiebolaget Mattsson & Braunes. Huvudparten, 31/32-delar av egendomen, överläts nästan genast till två storbönder, som fortsatte att där bedriva jordbruk.
På den del som Mattsson & Braunes behöll, växte Lindholmens varv upp. Grosshandlaren Theodor Wilhelm Tranchell (1815-1889) hade den 4 december 1843 gift sig med dottern Sofia Mattsson.
Familjen Tranchell hade sjöfartsintressen och insåg att en pågående statlig utredning rörande ”tillsyn af segelleden mellan Venern och hafvet samt om sättet för hamnanläggning i Göteborg” skulle innebära uppmuddring av Norra Älvstranden och därmed förbättra möjligheterna för en varvsrörelse.
På den första stapelbädden byggdes det första fartyget, briggen Aurora som sjösattes 1848. Kring 1850 påbörjades anläggningsarbeten för ett skeppsvarv av järnfartyg och 1852 byggdes anläggningen ut med en mekanisk verkstad för ångfartyg.
1853 bildades aktiebolaget Lindholmens Varvs- och Fabriksaktiebolag. Motala Verkstad övertog en fjärdedel av aktierna medan Mattson & Braune och Th. W. Tranchell tog tre fjärdedelar.
1858 övertog Motala Verkstad hela varvet och anläggningarna utökades. Vid 1860-talets början blev Lindholmens varv lika stort som Keillers verkstad, det vill säga det varv i Göteborg som tidigare varit störst.
Efterhand kom Lindholmens varv successivt att växa till ett av landets största och 1872 byggdes det första krigsfartyget här, kanonbåten Blenda. Under lång tid hade varvet Kungliga Svenska Flottan som storkund.
Kring 1875 fanns endast mindre murverk kvar av borgen, vilka försvann då Lindholmens varv vid denna tid lät de anställda uppföra små trähus på berget, helt utan stadsplanering.
År 1974 byggdes det sista fartyget på Lindholmen.
Namnet Lindholmen kom av den lindbevuxna ö som ända fram till 1855 var avskild från Hisingen. Kanalen kring holmen hette Kvillen, vilket inte ska förväxlas med den strax öster därom liggande Kvillebäcken. Sannegårdshamnen är en kvarvarande del av kanalen. Kanalen fanns kvar fram till åtminstone 1864, helt eller delvis.
Lindholmen är idag en stadsdel och ett primärområde i stadsområde Hisingen i Göteborgs kommun. Stadsdelen har en areal på 104 hektar.